Το ΕΛ.Ι.Ν.Τ. διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) εκλεγόμενο ανά διετία με δικαίωμα επανεκλογής των μελών του για μία περαιτέρω διετία. Στα 50 χρόνια της ύπαρξής του το Δ.Σ. ΕΛ.Ι.Ν.Τ αποτελούσε πάντα ένα καλό μίγμα διακεκριμένων στελεχών ναυτιλιακών επιχειρήσεων και οργανισμών, αξιωματικών, καθηγητών Α.Ε.Ι. και πλοιοκτητών.
Το Δ.Σ. ΕΛ.Ι.Ν.Τ. συνεπικουρείται στο έργο του από Συμβουλευτική Επιτροπή η οποία αποτελείται από έμπειρα μέλη παρελθόντων διοικητικών συμβουλίων του Ινστιτούτου.
Το έργο του Δ.Σ. ελέγχεται από τριμελή Ελεγκτική Επιτροπή η οποία εκλέγεται επίσης ανά διετία.
Η Ετήσια Συνάντηση ΕΛ.Ι.Ν.Τ. καθοδηγείται από Οργανωτική Επιτροπή η οποία ορίζεται (μαζί με τον Πρόεδρό της) κατ’ έτος από το Δ.Σ.
Η Οργανωτική Επιτροπή ορίζει την Επιστημονική Επιτροπή του Συνεδρίου.
Άλλες εκδηλώσεις που αναλαμβάνει να διοργανώσει το ΕΛ.Ι.Ν.Τ. συντονίζονται κατά περίπτωση από Μέλος του το οποίο έχει επιλεγεί από το Δ.Σ.
Τη συνολική ευθύνη των εκδόσεων και των εκδηλώσεων έχει ο Πρόεδρος Δ.Σ. ΕΛ.Ι.Ν.Τ.
Για την τρέχουσα διετία 2024-2025 το Δ.Σ. έχει την ακόλουθη σύνθεση:
Πρόεδρος Δ.Σ.
ΝΙΚΟΛΑΟΣ ΛΙΑΠΗΣ
Αντιπρόεδρος
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΠΡΑΤΙΚΑΚΗΣ
Γ. Γραμματέας
ΑΝΔΡΕΑΣ ΒΑΜΒΑΚΑΡΗΣ
Ταμίας
ΣΤΥΛΙΑΝΟΣ ΚΑΤΣΑΝΗΣ
Μέλη
ΣΤΑΜΑΤΗΣ ΚΑΛΛΙΓΕΡΟΣ
ΝΙΚΟΛΑΟΣ ΘΕΜΕΛΗΣ
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΚΑΡΑΒΟΛΟΣ
Αναπληρωματικά Μέλη
ΚΑΛΛΙΟΠΗ ΗΛΙΑΔΗ
ΕΛΕΓΚΤΙΚΗ ΕΠΙΤΡΟΠΗ
Πρόεδρος
ΣΠΥΡΙΔΩΝ ΖΟΛΩΤΑΣ
Μέλη
ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΒΟΖΙΚΗΣ
ΧΡΗΣΤΟΣ ΓΕΩΡΓΟΥΣΟΠΟΥΛΟΣ
ΣΥΜΒΟΥΛΕΥΤΙΚΗ ΕΠΙΤΡΟΠΗ
Πρόεδρος
ΜΙΧΑΗΛ ΜΑΝΤΖΑΦΟΣ
Blue Sea Power S.A.
